Les entreprises peuvent solliciter l'accord préalable de l'administration fiscale pour s'assurer de l'éligibilité de leurs dépenses de recherche au crédit d'impôt. L'absence de réponse motivée dans un délai de trois mois vaut accord tacite de l'administration. Depuis le 1er janvier 2009, l'administration peut dans le cadre de ces demandes solliciter l'avis des services relevant du ministère de la recherche ou des organismes chargés de soutenir l'innovation lorsque l'appréciation du caractère scientifique du projet le requiert. Un décret fixe la liste des organismes pouvant être saisis à cette fin : les délégués régionaux à la recherche et à la technologie, l'agence nationale de la recherche ou OSEO innovation. Ces services ou organismes peuvent également être saisis depuis le 1er août 2009 directement par le contribuable de bonne foi. Le défaut de réponse motivée dans un délai de trois mois vaut accord tacite de la demande. Le décret précise également les modalités d'application de ces procédures.

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